A Assembleia Intermunicipal é o órgão deliberativo da Comunidade. É constituída por 38 membros, eleitos de forma proporcional por cada uma das assembleias municipais dos municípios que integram a CIM, nos seguintes termos (Lei n.º 75 de 12 de setembro de 2013): dois nos municípios até 10.000 eleitores, quatro nos municípios entre 10.001 e 50.000 eleitores e seios nos municípios entre 50.001 e 100.000 eleitores, reflectindo o equilíbrio político regional.

A constituição atual da Assembleia é a seguinte:

• 18 membros do PS;
  
• 12 membros do PSD;
  
• 3 membros do CDS/PP;
  
• 2 membro da CDU;
  
• 1 membro do PPD/PSD - CDS/PP;
  
• 1 membro do Movimento Independente "PenCe";
  
• 1 membro do PLMT (Ponte de Lima Minha Terra).

Os trabalhos da Assembleia Intermunicipal são dirigidos por uma mesa, constituída pelo presidente, um vice-presidente e um secretário, eleitos por voto secreto de entre os seus membros.
A Assembleia reúne ordinariamente duas vezes por ano e extraordinariamente sempre que convocada nos termos dos estatutos da Comunidade Intermunicipal.